是编码链。用错链对引物设计有影响，因为核苷酸结构不对称，分三端和五端。
所以5‘-ATCGXXXXXXXXXXXXXX 和 3‘-ATCGXXXXXXXXXXXXXX是两个不同的引物分子。
引物设计软件都使用编码链，所以楼主不用烦了直接复制粘贴好了哇。
四种核苷酸或脱氧核苷酸按照一定的排列顺序以3’，5’磷酸二酯键(phosphodiester linkage)相连形成的多聚核苷酸链或脱氧核苷酸(polydeoxynucleotides)， 称为核苷酸序列(也称为碱基序列)。脱氧核苷酸或核苷酸的连接具有严格的方向性，是前一核苷酸的3’-OH与下一位核苷酸的5’-位磷酸间形成3’，5’磷酸二酯键，构成一个没有分支的线性大分子。DNA的书写应从5’到3’
大多数的真核mRNA转录后在5\\’-端加一个7-甲基鸟苷，同时第一个核苷酸的C\\‘2也是甲基化的，这种m7G ppp N m帽子结构具有促进核蛋白体与mRNA的结合、加速翻译起始速度的作用，同时可以增强mRNA的稳定性。
在真核mRNA的3\\’末端，有一多聚腺苷酸(poly A)结构，通常称为多聚A尾。一般由数十个至一百几十个腺苷酸连接而成。poly A是RNA生成后加上去的。poly A与mRNA从核内向胞质的转位及mRNA的稳定性有关。
DNA双链是反向的，复制时，两股链均作为模板，但新链的合成只能是5’→3’
引物提供3’-OH，与原料dNTP的5’-P形成磷酸二酯键，然后DNA聚合酶催化这一聚合反应的进行
sirna合成中，以U6启动子为模板，5′端引物与U6启动子5′端互补，3′端引物与U6启动子3′端互补并带siRNA正义链及9nt 的环状结构，二次循环带反义链。
引物5’端可设计修饰，3’端是延伸开始，一般不可修饰，也不能形成二级结构。
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我从来都是根据它的mRNA序列来设计引物的，如果你是用来构建靶基因的表达载体的话，你插入的启动子的后面序列肯定得是你的编码链而不是模板链，如果你只是用来定量或者测序的话个人觉得没什么区别
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