中药分类的方法虽然很多，但传统的分类方法，概括起来可分为两大系统：即药性分类法和自然分类法。 药性分类法，是根据中药药性、功效等特性进行分类的一类分类方法。因为它有利于医家掌握药物性能，故为历代医家所习用。性能是药物有别于其他物质的最大特性，因此大多数本草书籍的分类，都少不了用它来进行归纳。这也是多数按自然属性分类的本草书籍，仍保留了三品分类方法的原因。 药性分类法，首创于《神农本草经》，它的三品分类法，以“上药……为君，主养命以应天，无毒，多服久服不伤人”，“中药……为臣，主养性以应人，无毒有毒”，“下药……为佐使，主治病以应地，多毒，不可久服” 为其分类的理论依据。虽然分类比较简略，但对临床有一定的指导意义。在本草典籍中，三品分类开创了药物分类的先河，因此对后世影响深远。虽然梁代陶弘景创立了按自然属性分类的方法，但一直到唐宋金元，历代修订本草，仍然保存了三品分类的属性，并以之作为分类的依据。即使是李时珍的《本草纲目》彻底打破了三品分类的方法，但仍在药名下对《本经》、《别录》药物的三品属性作了注释。然而由于药物的日益增多和对药物认识上的不断深化，这种分类方法的局限性便日见暴露出来，单凭三品分类的方法已不能适应客观需要。后世医药学家，结合临床实践不断总结出了更为切用的分类方法。如唐代陈藏器在《本草拾遗》中，首创了 “十剂”分类法，根据药物功效归纳为“宣、通、补、泄、轻、重、涩、滑、燥、湿”十类。它的分类理论是：“宣可去窒，……通可去滞，……补可去弱，……泄可去闭，……轻可去实，……重可去怯。……涩可去脱，……滑可去著，……燥可去湿，……湿可去枯”。这对于临床用药具有很好的指导作用。金元期间的李东垣，将临床常用的100余种中药，根据升降浮沉的理论，将其分成五类。又署名为李东垣而实为后人所托的《药性赋》，则按药物四性(寒、热、温、平)进行分类。尤其是明、清以来，医药学家们相继总结了不少临床实用的功效分类方法。如明代王纶在其所著的《本草集要》中，将药物按功效分列为治“气、寒、血、热、痰、湿、风、燥、疮、毒、妇人、小儿”等12门。每一门中又分若干小类，如治气门分“补气清气温凉药、行气散气降气药、温气快气辛热药、破气消积气药”4 类等。这种分类比较具体而详细，无疑是一大进步。李时珍结合自己长期的临床实际，在其《本草纲目》中总结了“脏腑虚实标本用药式”，将药物的功效结合脏腑受病的标本、寒热、虚实进行综合归类。清代黄宫绣的《本草求真》，对药物功效分类的贡献最大，他首先将药物分成“补剂、收涩、散剂、泻剂、血剂、杂剂、食物”七大类；而在每大类下又分若干细类，如补剂分为“温中、平补、补火、滋水、温肾”；血剂分为“温血、凉血、下血”等。李氏、黄氏的分类法，不仅对于临床医师辨证论治，遣药组方具有很好的指导意义，而且对近代中药功效分类也有深远的影响。清代以来，除上述分类之外，还出现了按经络、脏腑以至脉象对药物进行分类。以经络分类的，有姚澜的《本草分经》；以脏腑分队归类的，有凌奂的《本草害利》、江笔花的《笔花医镜》，他们先用脏腑分队，各队再按药性分补、泻、凉、温，再分猛将、次将；按脉象分类的，有龙柏的《脉药联珠
中医药是中华民族的瑰宝。医是手段，药是武器，病是靶子，诊病就是正确运用药物的过程。自然界中万物生机勃勃，中药的种类也包罗万象，动物、植物、矿物以及其他制成品皆来源于自然。
动物药在中药中也占据了重要的地位。早在3000多年前，蜜蜂就被勤劳的中国人用做了药。早在《诗经》一书中，就有了鸟、兽、虫、鱼的记载，书中记载的动物约160种，有许多既可食用又可作药用，并且从这些动物名称的文字中有“虫”、“鱼、“犭”等偏旁，可见古代就有了对动物分类的意识。除此之外，春秋战国时期的《山海经》，也记载了动物药67种。
再从中国古代的医药书籍看，秦汉时期的《神农本草经》记载了65种动物药，其中，鹿茸、麝香、牛黄等药物仍为现今医药学所应用。我国第一部官修本草著作——《新修本草》共收载了128种动物药；明代李时珍所著的《本草纲目》共收载了461种动物药；清代赵学敏所著的《本草纲目拾遗》收载了128种动物药；近代的《中药大辞典》收载了740种动物药，当然，本草书是以药味记载为主，不是计算动物种类。据统计，我国现已有900余种可供入药的动物。
植物既有观赏价值，又有十分珍贵的药用价值，是丰富的中药库。根据现代植物分类学常用的分类方法是将每种药物按其原植物的自然分类系统分别归入门、纲、目、科、属、种，以种作为分类的基本单位。
白花蛇目前，我国应用的中药材中，植物类药材占90％，其中根及根茎类药材大约在200—250种；果实种子类药材大约在180—230种；花类药材大约在60—70种；皮类药材大约在30—40种；全草类药材大约在160一180种；叶类药材大约在50—60种；藤木类药材大约在40—50种；菌藻类药材20种左右；植物类药材加工品20—25种。
我国长江流域及我国南部广大地区以喜暖、喜湿润种类为多，叶类、全草类、花类、藤木类、皮类所占比重较大。黄河以北的广大地区，以根及根茎类药居多，这类药的特点是：耐寒、耐旱、耐盐碱，果实类药的种类次之。东北地区栽培种类以人参、细辛为代表；野生种类则以黄柏、防风、龙胆等为代表。华东地区栽培种类以贝母、金银花、延胡索、白芍、厚朴、白术、牡丹皮为代表；野生种类则以夏枯草、柏子仁等为代表。华南地区栽培种类以砂仁、槟榔、益智、佛手、广藿香为代表；野生种类则以何首乌、防己、草果、石斛等为代表。华北地区的栽培种类以党参、黄芪、地黄、山药、金银花为代表：野生种类则以黄芩、柴胡、远志、知母、酸枣仁、连翘等为代表。华中地区栽培种类以茯苓、山茱萸、辛夷、独活、续断、枳壳等为代表；野生种类则以半夏等为代表。西北地区栽培种类以天麻、杜仲、当归、党参、枸杞子等为代表；野生种类则以甘草、麻黄、大黄、秦艽、肉苁蓉、锁阳等为代表。西南地区栽培种类以黄连、杜仲、川芎、附子、三七、郁金、麦冬等为代表；野生种类则以川贝母、羌活为代表。
矿物药分为钠化合物类、钾化合物类、铵化合物类、镁化合物类、钙化合物类、铝化合物类、硅化合物类、锰化合物类、铁化合物类、铜化合物类、锌化合物类、砷化合物类等十二类。
金石美玉虽为死物，但同样扮演着重要的角色。金可镇精神，坚骨髓，银可安五脏，定心神。铜可治腋臭，铁可治脱肛等等。玛瑙主治眼球上生白膜，石英主治胸腹邪气，雄黄主治恶疮，疽痔死肌。
白矾为矿物明矾石加工提炼而成的结晶体。关于它还有个有趣的故事。从前，有位医生守口如瓶，对祖传的秘方决不外传。尤其是他存有一条解砒霜中毒的妙方十分效验，许多医生费尽心机都得不到它。有位同行想了一个办法，用酒把他灌醉并假称：“酒里有砒霜。”在惊吓之下，醉酒之中，他糊里糊涂的泄了密——“快拿白矾给我喝”，原来他解砒霜毒的秘方竟是不值几文钱的白矾。
水是万物化生的源泉，表现在天上就成为雨、露、霜、雪，表现在地下就成为海、河、泉、井。水的流动和静止，寒凉和温热，是不同的水气所形成的差别；水的甘咸苦，是水产生的不同滋味。所以，上古圣人通过分辨九川水土的不同来区别九州各地人性的善恶和寿命的长短。水液散失则营血枯竭，水谷不入则卫气消亡。既然这样，对于水的性味差异。尤其是防病治病的医生们，要谨慎地用心研究。秋露之水，禀承夜晚的肃杀之气，宜用来煎调肺的药，调种治疥、癣、虫癞的各种散剂。甘泉之水，则可治疗心腹痛及邪秽之类所致的疾病，又能治烦热消渴、反胃、呕吐等症。
另外，有些结石也是很名贵的药材。牛黄是用于临床多见的动物结石的一种，是动物黄牛和水牛的胆囊、胆管或肝管中的结石，有化痰、利胆、镇惊的功能，用于热病神昏谵语，癫痫发狂，小儿惊风抽搐等症，现代用于治疗“乙脑”等病。马宝是马科动物的胃肠道结石，有清热解毒，定惊化痰的作用。狗宝是犬科劫物狗的胃中结石，其能降逆气，开郁结，解毒。猴枣系猴科动物猕猴等内脏的结石，有消痰镇惊，消热毒的作用，古代称之为治热痰之圣药。
我国历史悠久，地形复杂，幅员辽阔，气候多样，这样为动、植、矿药物的孕育创造了优越的条件。从历史上看，我国第一部本草专著《神农本草经》只收录了365种药物，后来的《本草经集注》（梁代）收录的药物是《神农本草经》的一倍，有730种。发展到《新修本草》（唐代）增至1774种，明代的《本草纲目》则集历代本草之大全，收药1892种。据统计，新中国成立之后全国中草药有13268种，其中动物药403科，1634种；植物药369科，11471种；矿4豺药163种，其余为民间及民族药物。现代科技高度发展，也加快了中药分类的步伐，中药分类已进入了一个崭新的发展时期。
主要从两个方面分。一个是从品种分，分为草类，木类，虫（动物）类，矿石类等。另一种是按功用分，分为发表药，补气药，补血药，清热药，活血药，外用药等。而且各种药书所分种类及每种所包括的药品并不相同，没一个标准的，只是一个大致，这并不是不准确，而是有些药物的作用是多方面的，根本无法人为硬分。
中草药的种类很多，根据近年的初步统计，总数约在八千种左右，常用中草药亦有700种左右。如此繁多的种类必须按照一定的系统，分门别类，才便于学习、研究和应用。药物分类的方法是根据人们对于药物认识的逐渐深化而不断发展的。例如中国最早的药书——《神农本草经》把当时常用的365种药物按照毒性强弱和用药目的不同分成上、中、下三品：上品是延年益寿药，无毒，多服久服不伤人，中品是防病补虚药，有毒无毒，根据用量用法而定；下品是治病愈疾的药物，多有毒性，不可久服。这种分类方法简单而粗糙，其中有些药物的分类也不一定恰当。但当时，可能在避免因用错药物而中毒的问题上是起到了一定作用的。梁代陶弘景编《本草经集注》时，增药365种，分为玉石、草、木、果菜、米食、有名未用六类，每类又各分上、中、下三品，这是根据药物自然属性进行分类的开端，但仍较粗糙。直到明代李时珍编《本草纲目》一书，分类方法始有重大的发展。他采用了根据以前本草的分类方法略加修改，把药物分为水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、虫、鳞、介、禽、兽、人等十六部外，又把各部的药物按照其生态及性质分为六十类。例如草部分为山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、杂草等。而且他还往往把亲缘相近或相同科属的植物排列在一起，例如草部之四、隰草类中的53种药物中，有21种属于菊科，而且其中10种是连排在一起的。这种分类方法有助于药材原植物（或动物）的辨认与采收，对于澄清当时许多药材的混乱情况起了很大作用。现代记载中草药的教科书所采用的分类方法，根据其目的与重点而有不同，主要有下列四种：
1。按药物功能分类——如解毒药、清热药、理气药、活血化瘀药等。
2。按药用部分分类——如根类、叶类、花类、皮类等。
3。按有效成分分类——如含生物碱的中草药、含挥发油的中草药、含甙类的中草药等。
4。按自然属性和亲缘关系分类——先把中草药分为植物药、动物药和矿物药。动植物药材再根据其原植物原动物的亲缘关系来分类和排列次序。如麻黄科、木兰科、毛莨科等等。
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