1、黑死病(1347 - 1351)
黑死病在人类历史上是最致命的瘟疫之一。普遍认为是由一种名为鼠疫的细菌造成的。但最近有人认为是由其它一些疾病引起的。关于鼠疫的起源在专家中引起了广泛的争议。引起瘟疫的病菌是由藏在黑鼠皮毛内的蚤携带来的。在14世纪，黑鼠的数量很多。一旦该病发生，便会迅速扩散。在1348~1350年间，总共有2500万欧洲人死于黑死病。但是，这次流行并没有到此为止。以以后的40年中，它又一再发生。
2、第三次鼠疫大流行(1885-1950s)
第三次鼠疫大流行是指1855年始于中国云南省的一场重大鼠疫。这次世界性大流行以传播速度快、传播范围广超过了前两次而出名。这场鼠疫蔓延到所有有人居住的大陆，先从云南传入贵州、广州、香港、福州、厦门等地后，这些地方死亡人数就达10万多人。中国南方的鼠疫还迅速蔓延到印度，1900年传到美国旧金山，也波及到欧洲和非洲，在10 年期间就传到77个港口的60多个国家。单在印度和中国，就有超过1200万人的人死于这场鼠疫。据世界卫生组织透露，这次大游行一直延延续到1959年，这时全世界因鼠疫而死亡的人数减少到了200个左右。这次流行的特点是疫区多分布在沿海城市及其附近人口稠密的居民区，家养动物中也有流行。
3、查士丁尼瘟疫(541-542)
查士丁尼瘟疫是指公元541到542年地中海世界爆发的第一次大规模鼠疫，它造成的损失极为严重。但是此次瘟疫对拜占庭帝国的破坏程度很深，其极高的死亡率使拜占庭帝国人口下降明显，劳动力和兵力锐减，正常生活秩序受到严重破坏，还产生了深远的社会负面后果，而且对拜占庭帝国、地中海、欧洲的历史发展都产生了深远影响。鼠疫使君士坦丁堡40%的城市的居民死亡。它还继续肆虐了半个世纪，直到1/4的罗马人口死于鼠疫。这次鼠疫引起的饥荒和内乱，彻底粉碎了查士丁尼的雄心，也使东罗马帝国元气大伤，走向崩溃。
4、伦敦大瘟疫(1665-1666)
伦敦大瘟疫是指一场于1665年到1666年发生在英格兰的大规模瘟疫。在这场瘟疫中，有七万五千到十万人丧生，超过当时伦敦总人口的五分之一。它在历史上被确定为淋巴腺鼠疫引起的大面积黑死病，由人通过跳蚤感染了鼠疫耶尔森菌。1665年这场传染病是淋巴腺鼠疫在英格兰的最后一次大规模爆发。同时，由于与欧洲大陆的商贸交流，瘟疫传到了法国。此后直到1666年九月，瘟疫仍在温和的流行。9月2日和3日，伦敦城遭遇了一场大火，烧毁了大部分遭到感染了的房屋，这是状况好转的开端。另一个可能的原因是，大部分被感染的人群都已经死亡了。此后伦敦城在大火的基础上重建，在这场瘟疫过后又获得了的新生。
5、美洲瘟疫(16世纪)
欧洲人到来之前，这里居住着400万到500万的原住民，其中大多数都在16世纪几十年间死去，有历史学家甚至称它为“人类史上最大的种族屠杀”。不过，夺取印第安人生命的最直接杀手不是欧洲人的枪炮，而是他们所带来的瘟疫。当哥伦布抵达新大陆时，欧洲人就已经经历了多次致命传染病的浩劫，也从中找到了治疗一些传染病的方法。但是，美洲之前长期与欧亚非大陆隔离，印第安人也几乎与这些疾病完全隔绝。欧洲人的疾病随着哥伦布的第一次美洲之旅后开始蔓延到新大陆。腮腺炎、麻疹、天花、霍乱、淋病和黄热病等，这些早已被欧洲人适应的疾病对印第安人来说却极具杀伤力，因为他们的免疫系统几乎缺乏抵抗力，尤其是麻疹和天花。因此阿兹特克人等中美洲原住民即使拥有欧洲人攻不破的城墙，但却被外来的瘟疫打败。而疾病的传播也可以是双向的。当时，唯一一种从美洲传入欧洲的疾病是梅毒，它夺走了大量的欧洲人的生命。
瘟疫，亦称大流行，最常见的是鼠疫，又称黑死病，有腺型、肺型和败血症型三种，在人类历史上有过三次跨洲际的传染力。最早在《旧约圣经》中已出现类似鼠疫侵袭亚述军的记载。首次的大流行发生於西元6世纪，疫情持续了五十多年；14世纪欧洲爆发「黑死病」，发病1至3日之内死亡，大约死亡一千七百万至两千八百万条生命，死亡人数占欧洲人口的四分之一以上，义大利、英国死者半数，据称是由中国商人和蒙古军队传入。第三次鼠疫大流行始於1860年，正值中国清朝后期。其它的疫疾还有痘疹（天花）、大头瘟、羊毛瘟、疙瘩瘟、吐血瘟。
上古时期
中国古代殷墟甲骨文已有「虫」、「蛊」、「疟疾」、「疾年」等文字的记载[1]。「疠」字可见於《尚书》、《山海经》和《左传》。
汉朝
公元2年，青周大疫，汉平帝诏曰：「民疾疫者，舍空邸第，为置医药。」
三国时期
建安二十二年（217年）冬天，北方发生疫病，当时为太子的曹丕在第二年给吴质的信中说：「亲故多罗其灾，徐、陈、应、刘一时俱逝」。除孔融、阮瑀早死外，建安七子之中竟有五人死於传染病。曹植《说疫气》描述当时疫病流行的惨状说：「建安二十二年，疠气流行，家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀。或阖门而殪，或覆族而丧。」
魏晋南北朝
晋惠帝光熙元年（306年）：「宁州频岁饥疫，死者以十万计。五芩夷强盛，州兵屡败，吏民流入交州者甚众。」（《资治通鉴》）
永嘉年间（307年—312年），战乱频仍，雍州以东，「人多饥乏，更相鬻卖，奔迸流移，不可胜数。」、「又大疾疫，兼以饥馑，……流尸满河，白骨蔽野。」（《晋书。食货志》）
义熙元年（405年），益州大族谯纵据四川，自称成都王。义熙二年（406年），刘裕派遣刘敬宣率兵五千人伐蜀。义熙四年（408年）九月，敬宣部队势如破竹，到达遂宁郡之黄虎，谯纵请求后秦姚兴出兵，姚兴遂派遣平西将军姚赏等率兵增援，黄虎之战中刘敬宣前进受阻，双方相持六十余日，敬宣部队粮草啖尽，此时疾疫大起，「死者大半」，敬宣下令退出四川。到建康时，士兵十不存一。
隋朝
开皇十年（590年），首都长安发生疾疫。
大业八年（612年），山东、河南大水，不久出现疾疫。山东地区灾情尤惨
唐朝
代宗广德元年（763年），江东大疫，「死者过半」。「辛丑岁（762年），大旱，三吴饥甚，人相食。明年大疫，死者十七八，城郭邑居为之空虚，而存者无食，亡者无棺殡悲哀之送。大抵虽其父母妻子也啖其肉，而弃其骸於田野，由是道路积骨相支撑枕藉者弥二千里，春秋以来不书。」（《吊道殣文》）
宋朝
北宋庆历八年（1048年），河北大水，次年三月疫灾。
南宋嘉定元年（1208年），江淮一带大疫。（《宋史·五行志》）
南宋度宗咸淳七年（1271年），浙江永嘉地区大疫。
南宋德佑元年（1275年）六月，常州等城为元军占领，城内居民四处逃窜，「民患疫而死者不可胜计」。
南宋德佑二年（1276年）闰正月，元军包围了临安府，德佑二年闰三月，临安府大疫
辽、金、蒙古
金末年哀宗正大九年（1232年），汴京疫病大起，「都人不受病者万无一二，既而死者继踵不绝。」当时汴京有城门12座，每日各门送出死尸多达2千具。
元朝
至大元年（1308年）春，绍兴、庆元、召州大疫，死者二万六千余人。皇庆二年（1313年）冬，京师大疫。（《元史·五行志》）至顺二年（1331年），衡州连岁大旱，又发生疫灾，「死者十九」（《元史·文宗纪》）。
1344年，中国淮河流域爆发黑死病，河北商人再沿「丝路」将之传到印度、叙利亚、美索不达米亚等地。同时期蒙古人西征时，将染疫尸体用投石机投入城中，由此散布病毒至欧洲各处。造成1347年欧洲大流行，大文豪薄伽丘的《十日谈》即是以这场瘟疫为故事背景，描写浩劫下的人性。
至正十九年（1359年）春夏，莒州沂水、日照二县和广东南雄路大疫。
明朝
万历八年（1580年），「大同瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者」。万历《山西通忘》卷26记载，潞安「是岁大疫，肿项善染，病者不敢问，死者不敢吊」。
崇祯六年，山西出现瘟疫。崇祯「七年八年，兴县盗贼杀伤人民，岁馑日甚。天行瘟疫，朝发夕死。至一夜之内，百姓惊逃，城为之空」。
崇祯十年（1637年）以后，山西全境瘟疫大流行「瘟疫盛作，死者过半」，疫情传到河南地区，「瘟疫大作，死者十九，灭绝者无数」。榆林府「大瘟，……米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作」。
人类历史上最严重的瘟疫
1、黑死病（1347 - 1351）。
黑死病在人类历史上是最致命的瘟疫之一。普遍认为是由一种名为鼠疫的细菌造成的。但最近有人认为是由其它一些疾病引起的。关于鼠疫的起源在专家中引起了广泛的争议。一些历史学家认为黑死病开始于十四世纪二、三十年代的中国或中亚。在随后的数年内由商人和士兵携带到俄罗斯南部克里米亚。在十四世纪四十年代，流行病从克里米亚传到西欧和北非。黑死病造成全世界死亡人数高达7500万，其中欧洲的死亡人数为2500万到5000万。
黑死病的一种症状，就是患者的皮肤上会出现许多黑斑，所以这种特殊瘟疫被人们叫做“黑死病”。对于那些感染上该病的患者来说，痛苦的死去几乎是无法避免的，没有任何治愈的可能。
引起瘟疫的病菌是由藏在黑鼠皮毛内的蚤携带来的。在14世纪，黑鼠的数量很多。一旦该病发生，便会迅速扩散。在1348~1350年间，总共有2500万欧洲人死于黑死病。但是，这次流行并没有到此为止。以以后的40年中，它又一再发生。
14世纪20年代当此瘟疫细菌再次爆发之前，它已经在亚洲戈壁沙漠中潜伏了数百年，之后迅速随老鼠身上的跳蚤中的血液四处传播，从中国沿着商队贸易路线传到中亚和土耳其，然后由船舶带到意大利，进入欧洲。欧洲密集的人口成了此疾病的火药筒。3年里，黑死病蹂躏整个欧洲大陆，再传播到俄罗斯，导致俄罗斯近三分之一至一半的人口死亡。
2、第三次鼠疫大流行(1885-1950)
第三次鼠疫大流行是指1855年始于中国云南省的一场重大鼠疫。这次世界性大流行以传播速度快、传播范围广超过了前两次而出名。这场鼠疫蔓延到所有有人居住的大陆，先从云南传入贵州、广州、香港、福州、厦门等地后，这些地方死亡人数就达10万多人。中国南方的鼠疫还迅速蔓延到印度，1900年传到美国旧金山，也波及到欧洲和非洲，在10 年期间就传到77个港口的60多个国家。单在印度和中国，就有超过1200万人的人死于这场鼠疫。据世界卫生组织透露，这次大游行一直延延续到1959年，这时全世界因鼠疫而死亡的人数减少到了200个左右。这次流行的特点是疫区多分布在沿海城市及其附近人口稠密的居民区，家养动物中也有流行。
几乎所有的中外学者都一致认为第三次世界鼠疫大流行起源于云南，并认为云南是一个古老的家鼠鼠疫疫源地，但又都断言云南不存在鼠疫自然疫源地，并认为云南的鼠疫是输入性的。即从印度和缅甸直接或辗转传入的。然而，1974年，云南鼠疫工作者从云南剑川县的中华姬鼠中分离出鼠疫菌，证实了滇西存在着鼠疫自然疫源地，学者们称为滇西纵谷大绒鼠齐氏鼠疫源地，这为第三次鼠疫大流行提供了进一步的的科学根据。
现在，鼠疫已非常罕见，但并不没有完全消失，因为它仍然会在鼠类之中传播，一有机会还会传播给人。在20世纪80年代，非洲、亚洲和南美洲每年都有发生鼠疫的报道。1996年印度爆发的鼠疫还成了世界性的重大新闻。目前，每年大约有1000到2000人感染鼠疫。即使在美国，平均每年也会有10多人从野外鼠类感染鼠疫，1/7的患者死亡。尽管鼠疫已非不治之症，也容易控制，但是历史惨剧在人们心中留下的阴影却难以消除，它仍然被许多人视为最恐怖的疾病。
3、查士丁尼瘟疫(541-542)
查士丁尼瘟疫是指公元541到542年地中海世界爆发的第一次大规模鼠疫，它造成的损失极为严重。但是此次瘟疫对拜占庭帝国的破坏程度很深，其极高的死亡率使拜占庭帝国人口下降明显，劳动力和兵力锐减，正常生活秩序受到严重破坏，还产生了深远的社会负面后果，而且对拜占庭帝国、地中海、欧洲的历史发展都产生了深远影响。
公元4世纪以后，曾经盛极一时的罗马帝国渐渐分裂为东西两部分。雄距东部的拜占庭帝国的历代皇帝一向以罗马帝国的正统继承人自居，所以一直试图收复失地，重新统一罗马帝国，再现往日的辉煌。到公元6世纪时，拜占庭帝国的皇帝查士丁尼决定采取行动实现这一梦想。于是，查士丁尼于公元533年发动了对西地中海世界的征服战争。然而就在他横扫北非、征服意大利，即将重现罗马帝国辉煌的时候，一场空前规模的瘟疫却不期而至，使东罗马帝国的中兴之梦变为泡影。公元541年，鼠疫开始在东罗马帝国属地中的埃及爆发，接着便迅速传播到了首都君士坦丁堡及其它地区。
当时出现了许多诡异恐怖的情景：当人们正在相互交谈时，便不能自主地开始摇晃，然后就倒在地上；人们买东西时，站在那儿谈话或者数零钱时，死亡也会不期而至。而最早感染鼠疫的是那些睡在大街上的贫苦人，鼠疫最严重的时候，一天就有5000到7000人，甚至上万人不幸死去。
官员在极度恐惧中不得不向查士丁尼汇报，死亡人数很快突破了23万人，已经找不到足够的埋葬地，尸体不得不被堆在街上，整个城市散发着尸臭味。查士丁尼自己也险些感染瘟疫，在恐惧之中，他下令修建很多巨大的能够埋葬上万具尸体的大墓，并以重金招募工人来挖坑掩埋死者，以阻断瘟疫的进一步扩散。于是，大量的尸体不论男女、贵贱和长幼，覆压了近百层埋葬在了一起。鼠疫使君士坦丁堡40%的城市的居民死亡。它还继续肆虐了半个世纪，直到1/4的罗马人口死于鼠疫。这次鼠疫引起的饥荒和内乱，彻底粉碎了查士丁尼的雄心，也使东罗马帝国元气大伤，走向崩溃。
中国明朝
被瘟疫灭亡的明朝
明万历年间，政府的赋役越来越重。随之全国各地几乎连年遭灾。先秦晋，后河洛，继之齐、鲁、吴越、荆楚、三辅，并出现全国性的大旱灾。万历、崇祯年间，旱灾变得越来越频繁，大旱之年的比率也在增加。最后波及华北数省的大鼠疫终于在山西爆发。
万历八年(1580年)，“大同瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者”。同年，在太原府(治今太原)的太谷县、忻州、苛岚州及保德州都有大疫的记载。次年，疫情传至辽州(治今左权)，再传至潞安府(治今长治)，疫情进一步扩大。万历《山西通忘》卷26记载，潞安“是岁大疫，肿项善染，病者不敢问，死者不敢吊”。患者表现为肿项，传染性极强。
万历十年鼠疫传到相邻的河北宣府(治今宣化)地区，这里是军卫密集的军事重镇。疫情发生时，“人肿颈，一二日即死，名大头瘟。起自西城，秋至本城，巷染户绝。冬传至北京，明年传南方。”此疫不仅造成怀来卫城中的人口大量死亡，并且传入北京。
北京周围地区，直到清末光绪年间当地人仍然能够回忆：“万历十年四月，京师疫。通州、东安亦疫。霸州、文安、大城、保定患大头瘟症死者枕藉，苦传染，虽至亲不敢问吊。”“大头瘟症”就是颈项肿大。在疫区，死亡人口约占总人口的40%，如真定府(治今正定)新乐县，“万历十年春夏大头瘟疫，民死者十分之四”，武强、栾城二县的记载相同。另外，来自各地方志的资料表明，鼠疫还传播到了山东及河南北部等地区。
从崇祯六年(1633年)开始，华北鼠疫又开始了新一轮的流行。这次爆发地点仍是山西。一条来自山西兴县的报告说：崇祯“七年八年，兴县盗贼杀伤人民，岁馑日甚。天行瘟疫，朝发夕死。至一夜之内，百姓惊逃，城为之空”。“朝发夕死”、“一家尽死孑遗”是对鼠疫发病迅速，病死率高特点的描述。崇祯十七年(1644年)秋天，鼠疫南传至潞安府，顺治十八年《潞安府志》卷15《纪事》记载这次疫情，“病者先于腋下股间生核，或吐淡血即死，不受药饵。虽亲友不敢问吊，有阖门死绝无人收葬者”。
山西鼠疫也向周边省份传播。崇祯九年至十六年，榆林府和延安府属县相继发生大疫，如崇祯十年“大瘟，……米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作”。
同样，河北地区也深受鼠疫流行之害。崇祯十三年，顺德府(治今邢台)、河间府(治今河间)和大名府(治今大名)均有大疫，并且是烈性传染病的流行，“瘟疫传染，人死八九”。崇祯十四年，疫情进一步发展。在大名府，“春无雨，蝗蝻食麦尽，瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶”。死亡人口的比率相当高。广平、顺德、真定等府，类似的记载相当多。崇祯十四年七月，鼠疫再一次传入了北京城。
崇祯时人刘尚友追述北京城中的情况时说：“夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，都人患此者十四五。至春间又有呕血者，亦半日死，或一家数人并死。”“疙瘩”是对腺鼠疫患者的淋巴结肿大的称呼。崇祯十六年夏秋间北京城中的人口死亡率大约为40%甚至更多。
北京郊区的疫情也很严重。在通州，“崇祯十六年癸未七月大疫，名曰疙疽病，比屋传染，有阖家丧亡竟无收敛者”。昌平州的记载中称为“疙疽病”，而且“见则死，至有灭门者”。又如河间府景县，“崇祯十六年大疫，病者吐血如西瓜水立死。”
当时北京实际已是一座恐怖的疫城。如一份清代档案就提到崇祯十六年北京城的大疫情：“昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者”。抱阳生在《甲申朝事小计》卷6中提到崇祯十六年二月的北京城，“大疫，人鬼错杂。薄暮人屏不行。贸易者多得纸钱，置水投之，有声则钱，无声则纸。甚至白日成阵，墙上及屋脊行走，揶揄居人。每夜则痛哭咆哮，闻有声而逐有影”。死人太多，白天已可见城中处处鬼影，真令人毛骨悚然。
谷应泰在《明史纪事本末》卷78中说当时“京师内外城堞凡十五万四千有奇，京营兵疫，其精锐又太监选去，登陴诀羸弱五六万人，内阉数千人，守陴不充”。京营兵士在遭受鼠疫侵袭之后，元气大伤。以至于北京城墙上，平均每三个垛口才有一个羸弱的士兵守卫，怎么能抵挡李自成精锐之师的进攻。事实上，北京城是不攻而克的。
崇祯十六年，天津爆发肺鼠疫流行，上引同一份清代档案说：“上天降灾，瘟疫流行，自八月至今(九月十五日)，传染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下数百人，甚有全家全亡不留一人者，排门逐户，无一保全。”……一人染疫，传及阖家，两月丧亡，至今转炽，城外遍地皆然，而城中尤甚，以致棺蒿充途，哀号满路”，一片悲惨凄惶。奇怪的是，李自成的军队转战南北，文献中不见这些人死于瘟疫的记载。
河南北部也是崇祯年间的鼠疫流行区，在汝州郏县、开封府的阳武、荥阳、通许、商水以及河南府、彰德府、归德府等地都有鼠疫流行的记载。如在阳武县，“瘟疫大作，死者十九，灭绝者无数”；在荥阳县，“春大疫，民死不隔户，三月路无人行”。人口死亡也是相当惊人的。
据估计，明代万历和崇祯二次鼠疫大流行中，华北三省人口死亡总数至少达到了l000万人以上。由于鼠疫的流行与旱灾、蝗灾及战乱相伴随，所以，这一时期华北人口的死亡数应当更多。清兵顺利入主中原。乃是天意。
顺治元年(1644年)，即清兵入关的次年，华北日趋风调雨顺，大范围的鼠疫流行也已熄灭。社会开始复苏，直到1661年迎来了康乾盛世。明亡清起，天意也。
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