楼上的说了那么多，我认为一点也没有回答楼主的问题，有点像复制别人的。
我也是个EVA"标准'的FANS，下面我来解释。
唯之所以要主动且没有经过元渡的同意就擅自和EVA01融合，原因是唯想要保护真治。因为作为NERV的创始人之一的她，知道很多内部情报，包括NERV和SEELE的最终计划---人类补完计划。
但作为唯她自己的考虑，她认为人类不应该就这样毁灭，所以她要保护人类，保护她的儿子。所以就融入了EVA01。(因为EVA01是实现人类补完计划的重要道具)因此唯把自己的灵魂给了EVA01，在很大一部分情况下，可以说EVA01是受唯的意思行动的，这可以从TV版里的多处中可以看出。(列如：在对战力天使的时候和夜天使，和第一话里还有剧场版里)也就是说，唯有对EVA01的控制权，即可以延缓人类补完计划的实施。
那句和东月的对话正是唯心理的内心读白，流露出了一个母亲保护儿子的思想感情。