当时，美政府已发现其有关部门在上报庚子之乱的损失之中，有“浮报冒报”的现象。于是向清政府减少了约1千万两白银的赔款。留下的那部分“实应赔偿”，内容包括美国出兵中国的军费赔偿及美在华商人与传教士的损失赔偿。
为什么美国人想用退赔的庚款办学呢？美国伊里诺大学校长詹姆士在1906年给罗斯福的一份备忘录中声称：“哪一个国家能够做到教育这一代中国青年人，哪一个国家就能由于这方面所支付的努力，而在精神和商业上的影响取回最大的收获。”“商业追随精神上的支配，比追随军旗更为可靠。”因此他敦促美国政府采取措施通过吸引中国留学生来造就一批为美国从知识和精神上支配中国的新的领袖。
1908年时，中美双方商定，在北京由清政府外务部负责建立一所留美训练学校。于是，1909年6月，北京设立了游美学务处。这就是清华大学的雏形。1909年8月，内务府将皇室赐园---清华园，拨给学务处，作为游美肆业馆的馆址，学务处在史家胡同招考了第一批学生，从630名考生中，录取了47人，于10月份赴美。这就是后来庚款留美学生的由来。
1910年8月又举行了第二次招考。400多人应考，最后录取了70人。这第二批庚款留美学生中，后来出了一个大名鼎鼎的胡适，他当年考了个第55名。同榜中还有后来的语言学家赵元任、气象学家竺可桢等。1911年初，利用庚款而专门为培养赴美留学生的清华学校正式成立。在此后十多年间，据统计，由清华派出的留美学生就达1000多人。1928年8月17日，清华学校改名为清华大学，罗家伦出任校长。那一年开始公开招考留美公费生。1933年，又开始公开招考第一批庚款留英学生。
美国的两次退款，产生了很大的国际影响。加上第一次世界大战后，中国也涉足于战胜国的地位，各国都表示愿与中国“友好”，以便用和平的办法维护和扩张其在华利益。所以都紧步美国的后尘，纷起退款。
首先，要明确说的是美国并没有全额退还“庚子赔款”。
八国联军侵华，中国被迫签订了不平等条约《辛丑条约》，庚子赔款连本带利总共九点八亿两白银，作为八国联军之一的“美国”分到了将近八千多万两白银，算下来是五千多万美元。后来美国以各种方式退回这笔钱，但也只退了一千一百九十多万美元。所以国际上有些专家把“博爱”“正义”这些光环套在美国的脑袋上。但事实上，长期强盗风的美国突发善心是有原因的。直接原因就是当时晚清外交官们的艰难交涉。当时庚子赔款的理由是赔偿美国的财产损失，但实际上他们得到的赔款却是他们出兵花费以及财产损失的五倍多。当中国驻美大使梁诚知道以后，果断与美国人开展交涉。最终迫使美国尴尬妥协。
对于只考虑自己的帝国主义的美国，主动退款的更重要的原因还是为了自己的利益，当时退款交涉进行时，中美关系正处在一种微妙的阶段，他们更看重的是对华出口。在辛丑条约之后，中国人早已对美国有了仇恨，中国沿海地区开展了大规模低质美货的运动。当时美国大批厂房被迫关闭。所以为了获得中国人的好感，他们被迫只好做出一些实际行动，一些美国政客也在呼吁美国官方退还部分赔款“只要能继续在中国割肉，现在吐出来一点肉又怎样？”
最后美国国会通过了退款决议，但是他们有条件的，这笔钱退回来也要用在美国身上，怎么用？那就是办教育。直到清政府答应把这笔退款用在”派遣留美学生“后，美国才开始退钱。清政府由此创办的”清华学堂“，也是今天的清华大学。
可能美国自己也没想到，这所学校为当时落后挨打的中国，建立起了一座对外学习的桥梁。
退款一事的起因是《辛丑条约》未规定中国对列强的赔款以黄金还是以白银来结算，故中国都是以白银来结算，1904年部分列强提出以黄金来结算，美国为显示其“公正”、“仁慈”，与中国协定赔款仍以白银来结算，但美国旋即出尔反尔提出用黄金，时任驻美公使的梁诚先生和当时的美国国务卿海约翰磋商，希望美国可以继续用银结算，在谈话过程中梁诚先生提到：“用金用银出入虽属不多，唯美国假定答应用银，将来别国尚有转机；如果一律用金，以后就更难翻案了。敝政府所争者即此，并非歧视贵国。现今为赔款而作的筹款，罗掘俱穷，一概还金，势须加增租税，民间难于负担，仇洋之念将日益高涨，大局很可能受到动摇，祸患何堪设想。据说海约翰闻言，颇为动容，沉默良久，才慢慢地说：“庚子赔案实属过多———”，以此为契机梁诚先生看到了美国可能承认其索款额过高，故改变策略，不在金银问题上继续纠缠，转而要求美国放弃其超出“真正损失”的那部分赔款。于是他不放过任何机会，在美国国会及议员中四处游说退还不实赔款。经过几年艰苦努力，最终促使美国议会在1908年通过退款决议。
第一次庚子退款虽有美国提倡，可没有任何国家响应美国的退款，所以第一次庚子退款，只有美国一家。
第一次世界大战爆发后，中国于1917年8月对德奥宣战，并停付庚款。中国以十万劳工为代价成为协约国一员，在一战后成为战胜国，大战平息后，各国都表示愿与中国“友好”，以便用和平的办法维护和扩张其在华利益，所以都紧步美国的后尘，陆续放弃或退回了庚子赔款余额。退款被广泛地应用到中国的教育文化事业和实业中。只有日本分文不退，用这笔钱财发展军备，建立教育，遂速成为20世纪的强盛帝国。