康熙在两次册立太子失败后，便开始考虑“秘密建储”这种方式的可能性了。第一次废太子后，康熙曾对大臣们说：“立皇太子事，朕心已有成算，但不告之诸大臣，亦不令众人知，到彼时尔等只遵旨而行。”这说明，康熙对建储的原则已有考虑。第二次废太子后，康熙针对朝中大臣再次建议立储的奏章所发布的谕旨中说，必须找到一个妥善的办法，不能急于求成，重蹈覆辙。康熙五十六年（1717）十月，康熙曾谈到“二十一史朕皆披阅”。而二十一史中《旧唐书·波斯传》提到波斯王的建储之法：“其王初嗣位，便密选子才堪承统者，书其名字封而藏之。王死后，大臣与王之群子发封而视之，奉所书名者为立焉。”波斯王位传承的方式必定对康熙的建储计划有所启发。经过数年的考虑，康熙秘密建储的想法已逐渐成熟，对候选人也斟酌已定，种种迹象表明康熙选择的接班人应是皇十四子允禵。
在事态尚未明朗之前，皇四子允禛以韬晦之计隐忍不发，待机而动。而皇八子允禩则因两件事失去了被立为储君的可能。先是，二废太子时，利令智昏的允禩曾向康熙密奏问询：“吾今如何行走？”而且保证不会再发生众臣保奏自己，令父皇被动的事情。此事令康熙大为恼火，斥责允禩：“甚是狂妄，竟不揣伊为何等人？！”“以贝勒存此越分之想，试探朕躬，妄行陈奏，岂非大奸大邪乎？”允禩的愚蠢使之自取其辱，加深了康熙对他的恶劣印象。接着发生了“殆鹰事件”。康熙五十三年（1714）十一月，康熙出巡塞外，允禩因生母去世两周年祭未能从行。期间，允禩派人给皇父送去礼物以示孝敬。礼物中包括两驾猎鹰海冬青。没想到这两驾海冬青送到康熙面前时已然奄奄待毙。其隐喻之意令康熙大怒，“心悸几危”大骂：“朕与允禩父子之恩绝矣！”此事事出蹊跷，但允禩百口莫辩，从此在争取储位的斗争中跌入深渊，一蹶不振。余下可供康熙选为储君的皇子中只有允禵条件最理想。首先，允禵有年龄优势。康熙五十六年（1717），诸位较成熟的皇子中，允祉41岁，允禛也已40岁，正是《黄帝内经》中所说的“五八（40岁）肾气衰，发堕齿槁”的年岁，临近迟暮之年。而允禵只有30岁，正当“四八（32岁）筋骨隆盛，肌肉满壮”之年。其次，允禵不但性格直爽，“阔达大度”，且满汉文化的修养深厚，品行、作风、文武才能均为康熙所赏识。此时正值准噶尔部攻取西藏，而清廷所派援军全军覆没之际，康熙在此刻任命允禵“大将军王”，率军出征西北。这正是康熙给允禵以建功立业、树立威信的机会，为日后允禵能顺利地继承大统铺的一条路。允禵未辜负康熙的期望，于康熙五十九年（1720）夏率师攻克拉萨，收复西藏，扶持达赖六世在拉萨举行了盛大的坐床仪式。允禵“屡建大功，众心咸属”，前途正无可限量。然而命运捉弄人，就在允禵准备胜利班师的时候，康熙帝于六十一年十一月十三日因感冒引起并发症，猝然去世。事出突然，允禵人在西北，远不济急。一直隐忍不发的皇四子允禛在其死党，步军统领隆科多的帮助下出奇制胜抢得先机，入承大统。康熙策划的秘密建储计划功亏一篑。
雍正继位后，人心不服。面对着巨大的反对势力，又鉴于康熙朝因皇位继承问题引起的混乱，雍正为防后患，一登基便在皇位继承的问题上做出了决定。雍正元年（1723），允禛以秘密建储的方式选择了时年13岁的皇四子弘历。同年八月雍正将建储密旨放在了乾清宫“正大光明”匾额之后，又另“书秘封一匣，常以随身”。雍正十三年（1735）八月二十二日子时，雍正病逝于圆明园。张廷玉等命人从宫中找出“朱笔亲书传位今上（乾隆）之密旨”，诸王大臣“同捧至今上前，廷玉于灯下宣读。上伏地大恸良久，王大臣等叩头劝再三，上始载拜受命”。当夜，雍正遗体运返紫禁城，内侍又从“正大光明”匾后取出已存放了12年的密旨。“捧至上前”，弘历命允禄、允礼、张廷玉、鄂尔泰等人“齐入始启封，跪阅亲书御名”。弘历继承帝位毋庸置疑。皇帝生前遗愿首次通过秘密建储的方式得以实现，乾隆也成了中国历史上各朝各代中以全新方式当上皇帝的第一人。秘密建储的最终制度化，是在乾隆朝完善、确立的。
从康熙五十二年到道光三十年（1713～1850），清朝先后有五位皇帝（康熙、雍正、乾隆、嘉庆、道光）采用了秘密建储的方式解决皇位继承问题，历时130余年，其中四位皇帝（乾隆、嘉庆、道光、咸丰）是通过这一方式当上皇帝的。
秘密立储，是清王朝在摆脱推举制之后所形成的立储制度，同汉唐以来公开立储的做法迥然不同。
康熙对太子的两立、两废。
在汉族立储制度的影响下，康熙十四年（1676年初）十二月，康熙帝立皇后赫舍里氏之子胤礽为皇太子，太子时年两岁。胤礽“六岁就傅，令张英、李光地为之师，又命大学士熊赐履授以性理诸书。二十五年，上召江宁巡抚汤赋”，“辅导太子”。“太子通满、汉文字，熟骑射”，按照满洲贵族的观点，胤礽并非平庸之辈。在康熙三征噶尔丹期间，均由太子留守京师，处理国务。
康熙四十七年（1708年）九月，胤礽在陪康熙行猎时被废，康熙为此所颁布的长谕中指责胤礽“不法祖德，不遵朕训”，“专擅威权、鸩聚党羽，窥伺朕躬”、“邀截外藩人贡之人”、“十八阿哥（康熙第十八子胤祈）患病，众皆以朕年高，无不为朕忧虑，伊系亲兄，毫无友爱之心”、“恣取国帑，干预政事”以及“欲为索额图复仇”等等。
康熙对胤礽的不满，在十八年前第一次亲征噶尔丹（康熙二十九年）期间，即已公开化。康熙在出征后，因受暑热病倒军前，“驻骅古鲁富尔坚嘉浑噶山”。“召太子及皇三子胤祉至行宫”，康熙因“太子侍疾无忧色”，“以胤礽绝无忠爱君父之念，心甚不怿，令即先回京师”。四年后（康熙三十三年），因制定太子祭奉先殿仪注而将礼部尚书沙穆哈革职。康熙三十六年（1697年），在第三次亲征噶尔丹期间，又因听到“太子暱比匪人”的传言，“录太子左右用事者置于法”，将膳房人花喇、茶房人雅头、哈哈珠子（侍卫）德住处死。太子失宠已成为公开的秘密。
康熙四十八年三月（1698年），胤礽在被废黜半年之后，第二次被册立为太子。
胤礽被废不久，“相面人张明德曾相胤禩（康熙第八子）后必大贵”以及“张明德于皇太子未废之前谋欲行刺”即被揭露。未几，胤祉告发皇长子胤禔对胤礽“咒诅”、“用术镇厌”（康熙四十七年十月）。而胤禩党羽在康熙所召开的立储会议上（四十七年十一月）的大肆活动，愈发使康熙感到储位虚悬所酿成的危机，于是康熙复立胤礽为太子。
康熙五十一年（1712年）九月三十日，胤礽在被废复立为太子三年半后，第二次被废。康熙为此召诸皇子谕道：“皇太子胤礽自复立以来”，“大失人心，祖宗弘业断不可托付此人”，“故将胤礽仍行废黜禁锢”。又曰：“胤礽秉性凶残，与恶劣小人结党”。“估恶不估，是以灰心，毫无可望”。“嗣后众等各当倾心向主，共享太平，后若有奏请皇太子已经改过从善，应当释放者，朕即诛之”。
胤礽第二次被废的主要原因，即“与恶劣小人结党”。康熙五十年（1711年）十月底，就曾以“国家大臣为皇太子而援结朋党”的罪名而将都统鄂缮、兵部尚书耿额、刑部尚书齐世武等捉拿。翌年四月，又以步军统领托合齐“结党会饮，”公开降旨斥责胤礽：“此事俱因胤禔所致，胤礽行事，天下之人无分贵贱，莫不尽知”，“惟其行事不仁不孝，难于掩盖，徒以语言货财买嘱此等贪浊谄媚之人，潜通信息”。
不立太子。
康熙自第二次废太子胤礽后，即不再立太子。只要册立皇太子就要有“附皇太子者”，“逢迎结党”，高度集中的皇权已经不能允许储权的存在；
康熙五十三年十一月（1714年），胤禩因谋为皇太子受到康熙的申斥，责其“系辛者库贱妇所生，自幼心高阴险，听相面人张明德之言”，“觅人谋杀二阿哥（指废太子胤礽）”，“与乱臣贼子结成党羽，密行险奸，谓朕年已老迈，岁月无多，及至不讳，伊曾为人所保”。“自此朕与胤禩，父子之恩绝矣。朕恐日后必有行同狗彘之阿哥仰赖其恩，为之兴兵构难，逼朕逊位而立胤禊者”，“特谕尔等众阿哥，俱当念朕慈恩，遵朕之旨”。“胤禩因不得立为皇太子，恨朕切骨，伊之党羽亦皆如此。二阿哥悖逆，屡失人心，胤禩则屡结人心，此人之险，实百倍于二阿哥也。”
康熙五十四年（1715年）被禁锢在成安官的胤礽得悉策妄阿拉布坦在西陲构兵，用矾水写信托御医贺孟頫带给公普奇，嘱普奇在皇帝面前保举废太子为西征大将军。事发贺孟頫被处死，普奇亦遭拘禁。
康熙五十七年（1718年）初，翰林院检讨朱天保等奏请复立胤礽为皇太子，其疏言“皇太子虽以疾废，然其过失良由习于骄抗，左右小人诱导之故。若遣硕儒名臣如赵申乔等羽翼之，将左右佞幸尽皆罢斥，则其潜德日彰”，“储位重大，未可移置如棋，恐有藩臣傍为觊觎，则天家骨肉之祸有不可胜言者”。朱天保因此被处死，其父朱都纳以及朱都纳之婿常赍等皆受到株连。
康熙在第二次废太子后，身体每况愈下，“心神恍惚，身体虚惫”，“怔忡健忘”，“神不守舍，心失怡养，目不辨远近，耳不分是非”，“每一举发，愈觉迷晕”，“动转非人扶掖步履难行”，及至右手麻痹“不能写字，用左手执笔批旨”。即使身体如此，康熙仍坚持“天下大权当统于一”，“天无二日，民无二王”，绝口不提立储。
康熙五十七年一月，大学士、九卿为立储事联名俱奏，请尽快立皇太子，“即可命皇太子在皇上左右，禀承皇上指示，赞襄办理，候圣躬大安，再亲几务”。康熙却以“前胤礽为皇太子时，一切礼仪皆索额图所定，服用仪仗等物逾越礼制，竟与朕相等，致二阿哥心性改移，行事悖乱”，“今于未立皇太子之前，当预将礼仪议定”。该月二十九日，大学士、九卿将皇太子仪仗冠服、一切应用之物及礼仪定议具奏，并得到康熙的批准，该年三月，当九卿等再次吁请立皇太子时，康熙又以皇太后之丧未满百日、举国服丧为辞，加以推脱。
康熙六十年（1721年）三月，御史陶彝等十二人联名疏请“早定储位”。康熙怀疑系大学士王挟幕后指使，怒责王拨“欲放二阿哥出，伊等借此邀荣”，“二阿哥两次册立为皇太子，教训数十年不能成就，朕为宗社及朕身计，故严行禁锢”。且斥责“王挟以伊祖王锡爵请明神宗立泰昌（即明光宗）为太子，泰昌在位未及两月而亡，致天启即位（即明熹宗），魏忠贤擅权，天下大乱，而明遂亡”。“王锡爵已灭明朝，王挟以朕为神宗，意欲动摇清朝”。陶彝等十二位御史及王披之子王奕清均发往西陲军台效力。终康熙之朝，再无一人敢提及立储之事。
秘密立储。
康熙六十一年（1722年）十一月十三日，康熙帝病逝于畅春园。康熙第四子胤禛在步军统领隆科多（佟国维之子）的支持下登上皇帝的宝座，改元雍正。长达十年储位悬空，诱发康熙诸子——第八子胤禩、第九子胤禵、第十四子胤禵对储空的觊觎，因而雍正即位以后，就被统治集团内部斗争所困扰，雍正帝对胤禩、胤禟、胤禵的幽禁，为雍正初政蒙上了骨肉相残的阴云。
雍正元年（1723年）八月十七日，雍正帝定秘密立储之制，把所选定的皇储——第四子弘历的名字亲笔写好放在密封的锦匣之内，“置之乾清宫正中世祖章皇帝御书‘正大光明’匾额之后，乃宫中最高之处，以备不虞”。秘密立储既避免公开立储所造成的储权对皇权的威胁，又避免不立太子所造成的储位之争及骨肉相残。从雍正创立秘密立储，直到咸丰即位之前，清朝廷在皇位继承上均沿用此制。