《白鹿原》的寻根主题主要是精神和心灵的寻根，带着对精神中“真”的追求写出儒家文化的精髓，并通过文本中人物的个性描写，来宣传中国文化的深刻价值，表达自己“寻根”理念。作者的寻根性思考，并不仅仅停留在以道德的人格追求为核心的文化之根，而是进一步更深刻的揭示出传统文化所展现的人之生存的悲剧性。《白鹿原》在以关中人生存为大的文化背景下，展开了一系列的人物活动，粗野朴实的乡村习俗、慎独隐忍的儒家精神，则透过一个个鲜活的人物体现出来。
对于《白鹿原》文化寻根的主题研究者也有许多异议，因为作者在《白鹿原》中尽可能地突显了民间历史的本来面目，侧写了中国当代文艺思潮，也具有新历史主义小说的意义。
对于这一主题，有人认为陈忠实以这部《白鹿原》不仅为自己设置了一座很难以逾越的高峰，也为中国当代现实主义文学创作设置了一道很难跨逾的梁坎。《白鹿原》在关中人生存情景的展示中，通过人物语言、行为表现了重构地域文化发展史的强烈意向。
总体来看陈忠实的《白鹿原》，特别是近年来关于它的主题研究已趋向于多种主题并存的观点。《白鹿原》保持了历史的混沌性和丰富性，使这部偏重于感性和个人主义的历史小说既成为一部家族史、风俗史以及个人命运的沉浮史，也成了一部浓缩性的民族命运史和心灵史。
清朝时期，以白嘉轩为族长的白鹿村获得“仁义”美名。那时，不仅县令对仁义之举赞美有加，朝廷高官对朱先生这样的仁义道德圣贤也推崇备至。
朱先生去南方讲学，见到那些比较新潮的南方学者，就感叹“世风日下、人心不古”。没多久，清朝灭亡了。白嘉轩有些惶惶然：“没有皇帝了，往后的日子咋样过哩？”另一位同样德高望重的冷先生则断定：“皇帝再咋说是一条龙啊！龙一回天，世间的毒虫猛兽全出山了，这是自然的。”
中国受皇权统治两千多年，民国初始百姓不习惯没有皇帝也很自然。然而，小说叙述的历史发展，证明冷先生的关于“毒虫猛兽全出山”的预言果真应验了。
首先就出现了土匪白狼，接着地方政府开始征收“印章税”。百姓大为不满，因为“清廷的皇帝也没有征收过如此名目的赋税，只是缴纳皇粮就完了”。学堂的徐先生指责道：“苛政猛于虎！”白鹿原上还驻扎了兵营，说是为“加强地方治安，保护民众正常生产”。白嘉轩对此感到荒谬，因为清朝政府从没在镇上驻扎过一兵一卒，再说“庄稼人自古也没叫谁保卫过倒安宁”。小说还提到，“清朝那位有名的诗文皇帝设置的赈济灾民的义仓，在他死后不久就成了一个空仓”。
总之，民国初期的社会状况比清朝皇权时代更糟。似乎只有禁止女性缠足是个进步，但小说仅轻描淡写了一下，没显出任何重要意义。而“国民革命废除皇权提倡平民意识的结果”之一是当地建了一个民众娱乐场所，其中“最红火的行业是妓院”。对朱先生、白嘉轩等儒家文化代表来说，淫荡是罪恶，残害妇女肉体的缠足只是微不足道的小事。
民国初的县政府官员提到“革命政府提倡民主自由平等，允许人民集会结社游行示威”，以及“组建本县第一届参议会，就是让民众参与县政，监督政府，传达民众意见”。这也让白嘉轩感到荒谬。不过，民主政治尚未确立，军阀混战就开始了。此后，“毒虫猛兽”轮番登场，称王称霸，民主社会终成泡影。不过，朱先生等人也并没向往民主社会，因此也从没为此感到遗憾。
首先登场的“毒虫猛兽”是投靠军阀的“地痞流氓”镇嵩军刘军长。他想在西安称王，叫手下的乌鸦兵“没遍没数地征粮”，后来演变成抢粮。百姓怨声载道，可怕挨枪把子，只好忍气吞声。除此之外，镇嵩军还在白鹿原“烧毁民房五十七间，枪杀三人，奸淫妇姑十三人，抢掠财物无计”。
其次登场的是农协。国民革命军“胜利粉碎刘匪乌鸦兵对革命的围攻”之后，由国民党主导，建立了“国民革命新秩序”。新政权领导层也包括共产党员，主要负责农运工作。那是国共合作时期。可不久，共产党就在农村发动穷人成立了农民协会，并提出“一切权力归农会”。仁义白鹿村的农协骨干分子都是“不干不净有麻达”者或“龟五贼六的货”。他们砸了知县亲自给挂的“仁义白鹿村”金匾，刻有“乡约”的石碑和村里的祠堂；提倡女人剪头发放大脚，禁烟砸烟枪烟盒子。他们举办的控诉恶霸的斗争会失控，石头瓦块砖头乱飞。愤怒人群将恶霸推到铡刀下斩首。农协还将财东恶绅戴高帽游街示众，批斗国民党贪官等等，引起国民党官员不满。甚至共产党内部某些财东子弟也认为这些人“趁着革命的风潮胡搞乱整，充其量不过是荒年灾月饥民‘吃大户’的盲动”。
随后国民党也变成“毒虫猛兽”。“四一二”事件后，逃走的国民党贪官又回到白鹿原掌了大权，对农协骨干分子进行了残酷的报复。而土匪的活动也越来越猖獗，以致朱先生评论说白鹿原成了烙饼的鏊子：“原先两家子争一个鏊子，已经煎得满原都是人肉味儿；而今再添一家子来煎，这鏊子成了抢手货忙不过来了。”
朱先生的总结和冷先生当初的预言遥相呼应，视国民党、共产党和土匪为祸害百姓的“毒虫猛兽”。朱先生比喻国民党和共产党为“源出一物”的“荞面”和“饸络”。他说：“我观‘三民主义，和‘共产主义’大同小异，一家主张‘天下为公’，一家昌扬‘天下为共’，既然两家都以救国扶民为宗旨，合起来不就是‘天下为公共’吗，合不到一块反倒弄得自相戕杀。公字和共字之争不过是想独立字典，卖荞面和卖饸络的争斗也无非是为独占集市！”言外之意是，两党都打着为公的牌子，实际是争权夺利。
彼时的国民党残酷清剿共产党。“西安当权的国民革命政府对共产党整治的手段简截了当，不作正经审讯，也不屑张罗声势示众游街，也很少公开枪崩，逮住后先打后问，问不出什么就装进麻袋扔进废弃的苦水井里，打得问出了什么而又觉得此人不宜存留于世也同样干脆地扔进井去。”共产党得到经验教训，成立自己的武装——红军，在全国各地发起暴动。小说详细描写了红军攻打西安失败的过程。
简言之，“两党争天下，你死我活地闹”。用书中人物的话说，全中国就剩下朱先生主持的白鹿书院“这一方清净之地”了。
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